ธารโบกขรณี
ตั้งอยู่บริเวณที่ทำการอุทยานฯ สภาพทั่วไปเป็นธารน้ำธรรมชาติไหลลงมายังแอ่งน้ำน้อยใหญ่ซึ่งอยู่ต่างระดับกัน รายรอบด้วยป่าไม้ร่มรื่น ด้านเหนือของธารโบกขรณี มีมณฑปพระพุทธบาทจำลองที่แกะสลักจากไม้ ประดิษฐานอยู่ใกล้กับศาลาบูชาเจ้าพ่อโต๊ะยวน-โต๊ะช่อง
ถ้ำลอดเหนือและถ้ำลอดใต้
ตั้งอยู่ห่างจากตัวอำเภออ่าวลึกไปตามถนนอ่าวลึก-แหลมสัก ประมาณ 2 กิโลเมตร แยกขวาไปยังท่าเรือบ่อท่อ แล้วลงเรือรับจ้างไปตามลำคลองท่าปรัง ผ่านป่าชายเลนไปประมาณ 10 นาที ถ้ำลอดใต้เป็นอุโมงค์ใต้เขาหินปูน มีธารน้ำไหลผ่านอุโมงค์แคบ มีหินงอกและหินย้อยสวยงาม ส่วนถ้ำลอดเหนือเป็นโพรงถ้ำขนาดใหญ่ มีแนวอุโมงค์คดเคี้ยวและยาวกว่าถ้ำลอดใต้ เรือสามารถแล่นผ่านได้ในช่วงน้ำลงเท่านั้น
ถ้ำผีหัวโต หรือถ้ำหัวกะโหลก
ตั้งอยู่ในเขตอำเภออ่าวลึกในเทือกเขาผีหัวโต ซึ่งมีลักษณะเป็นเขาหินปูนล้อมรอบด้วยบึงและป่าโกงกาง นั่งเรือจากท่าเรือบ่อท่อไปประมาณ 10 นาที เลยทางแยกไปถ้ำลอดใต้เล็กน้อย จากปากถ้ำมองเข้าไปจะเห็นทางแยกเป็น 2 ทาง ทางซ้ายมือจะตัดตรงไปยังด้านหลังของถ้ำที่เป็นโพรงใหญ่ มีแสงสว่างส่องเข้ามาถึงได้ ส่วนด้านขวามือเป็นทางที่จะตรงเข้าไปยังห้องโถงของตัวถ้ำ แต่เดิมภายในถ้ำเคยพบหัวกะโหลกมนุษย์ซึ่งมีขนาดโตกว่าปกติจึงมีชื่อว่า ถ้ำผีหัวโต นอกจากนี้บนผนังถ้ำยังปรากฎภาพเขียนสีก่อนสมัยประวัติศาสตร์จำนวนมาก อาทิ รูปคน รูปสัตว์ ตลอดจนรูปอวัยวะต่างๆ และบนพื้นถ้ำมีเปลือกหอยทับถมกันอยู่เป็นจำนวนมาก
นอกจากนี้ตามเพิงผาและผนังถ้ำบนเกาะน้อยใหญ่ในเขตป่าชายเลนตอนกลางอุทยานแห่งชาติยังเป็นแหล่งภาพเขียนสีก่อนประวัติศาสตร์ เช่น ถ้ำชาวเล แหลมท้ายแรด เกาะกาโรส แหลมไฟไหม้ ระยะทางแหลมสัก-แหลมไฟไหม้ 5 กิโลเมตร แหลมสัก-ถ้ำชาวเล 2 กิโลเมตร แหลมสัก-เขากาโรส หรือเกาะกาโรส 7 กิโลเมตร การเดินทางเช่าเหมาเรือหางยาวที่ท่าเรือแหลมสักตามระยะใกล้-ไกล และควรเดินทางช่วงน้ำขึ้นจะได้ขึ้นฝั่งสะดวก
ถ้ำเพชร
ตั้งอยู่หมู่ที่ 2 ต.อ่าวลึกเหนือ อ.อ่าวลึก อยู่ห่างจากสี่แยกตลาดอ่าวลึกเหนือ 3 กิโลเมตร บริเวณด้านหน้ามีพระพุทธรูปปูนประดิษฐานอยู่ และมีหินสะท้อนแสงซึ่งส่องประกายสวยงามราวกับเพชรตามผนังถ้ำ การไปเที่ยวชมถ้ำเพชร สามารถติดต่อขอคนนำทางจากอุทยานแห่งชาติธารโบกขรณีได้ ทั้งนี้ควรนำไฟฉายติดตัวไปด้วย
ถ้ำพระ
ตั้งอยู่หมู่ที่ 4 ต. อ่าวลึกใต้ อ.อ่าวลึก ห่างจากที่ว่าการอำเภอประมาณ 2 ก.ม. ภายในถ้ำมีพระพุทธรูปใหญ่ 3 องค์ รอบฐานมีพระพุทธรูปไม้แกะสลักองค์เล็กตั้งอยู่โดยรอบ ฐานจะสร้างในสมัยใดไม่ปรากฏ แต่จากคำบอกเล่ากล่าวกันว่าสร้างพร้อมกับพระบรมธาตุเมืองนครฯ เนื่องจากผู้ศรัทธาที่จะเดินทางเอาทรัพย์สินเงินทองไปร่วมสร้างองค์พระบรมธาตุได้ทราบข่าวการสร้างองค์พระธาตุเสร็จสิ้นแล้ว จึงพร้อมใจกันสร้างพระพุทธรูป 3 องค์นี้ขึ้น พร้อมกับฝังทรัพย์สินเงินทองไว้อีกด้วย จากความเชื่อของชาวบ้านดังกล่าวก็อาจจะเป็นไปได้ เพราะเส้นทางระหว่างอ่าวลึก-ปากลาว-ปากพนม ตลอดแม่น้ำตาปีนั้นเป็นเส้นทางเดินข้ามแหลมมลายูมาแต่โบราณเส้นทางหนึ่ง
หมู่เกาะห้อง
เป็นหมู่เกาะที่ประกอบด้วยเกาะน้อยใหญ่หลายเกาะ อาทิเช่น เกาะเหลาหรือเกาะซากา เกาะเหลาเหรียม เกาะปากกะ เกาะเหลาลาดิง เป็นต้น โดยมีเกาะห้องหรือเกาะเหลาปิเละ เป็นเกาะทางตอนใต้ที่ใหญ่ที่สุด ลักษณะโดยทั่วไปเป็นเขาหินปูน มีแนวปะการังทั้งในระดับน้ำตื้นและน้ำลึกเหมาะแก่การดำน้ำ ตกปลา การไปเที่ยวชมสามารถเช่าเรือจากอ่าวนาง ใช้เวลาเดินทางประมาณ 1 ชั่วโมง
