แม่น้ำปาย เป็นแม่น้ำที่ใหญ่และยาวที่สุดของจังหวัดแม่ฮ่องสอน เกิดจากทิวเขาถนนธงชัยและทิวเขาแดนลาวในเขตอำเภอปาย แล้วไหลลงมาทางทิศใต้ผ่านอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน ไปบรรจบกับแม่น้ำสาละวิน (แม่น้ำคง) ในเขตรัฐคะยา สหภาพพม่า มีความยาวประมาณ 180 กิโลเมตร กว้างประมาณ 30 เมตร และลึกประมาณ 7 เมตร ท้องน้ำมีลักษณะเป็นกรวดทราย และในฤดูแล้งน้ำลึกประมาณ 1 เมตร ตลอดลำน้ำปายนี้มีช่วงที่สามารถล่องแพได้ 3 ช่วงด้วยกัน คือ

1. ช่วงต้นลำน้ำปายถึงอำเภอปาย
เริ่มต้นที่ห้วยช้างเฒ่า หรือห้วยช้างแก้ว ห่างจากอำเภอปายตามระยะทางรถยนต์ประมาณ 16 กิโลเมตร ตามทางลำลองที่มุ่งสู่บ้านเวียงเหนือ และบ้านศาลาเมืองน้อย แล้วเริ่มล่องลำน้ำปายใช้เวลาประมาณ 6 ชั่วโมง ถึงสะพานเวียงเหนือหรือบ้านจอมพลใกล้ตัวอำเภอปาย

การล่องแพสายนี้ควรใช้เวลาอย่างน้อยที่สุด 1 วันเต็ม โดยต้องพักแรมในคืนก่อนการเดินทางและหลังจากการล่องแพแล้วอีก 1 คืน

2. ช่วงจากอำเภอปายถึงอำเภอเมือง
เริ่มต้นที่บ้านหมอแปง ห่างจากอำเภอปายโดยทางรถยนต์ประมาณ 30 กิโลเมตร ระยะทางการล่องแพทั้งหมดประมาณ 70 กิโลเมตร และต้องใช้เวลาประมาณ 2 วัน กว่าจะล่องถึงบ้านปางหมู อำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน และต้องใช้แพถึง 2 ชุด เนื่องจากช่วงกลางของแม่น้ำปายมีจุดหนึ่งที่เป็นโตรกธารระดับน้ำต่างกัน คล้ายกับเป็นน้ำตกซึ่งไม่สามารถล่องแพผ่านได้ ต้องขึ้นฝั่งข้ามเขาไปขึ้นแพชุดใหม่และล่องต่อ รายละเอียดการล่องแพช่วงนี้ควรติดต่อขอทราบจากนายอำเภอปาย ที่ว่าการอำเภอปาย จังหวัดแม่ฮ่องสอน

3. ช่วงอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอนถึงเขตชายแดนไทย-พม่า
เริ่มต้นจากบ้านห้วยเดื่อ ตำบลผาบ่อง ซึ่งห่างจากตัวอำเภอเมืองประมาณ 6 กิโลเมตร และล่องถึงบ้านน้ำเพียงดิน ซึ่งเป็นเขตต่อแดนระหว่างไทยกับพม่า ปกติแล้วในช่วงนี้นิยมนั่งเรือหางยาวมากกว่าจะล่องแพ และจากจุดนี้ผู้ที่นิยมล่องไพรด้วยการนั่งบนหลังช้าง ก็สามารถทำได้เช่นกัน การล่องเรือในช่วงนี้เป็นที่นิยมกันมากในหมู่นักท่องเที่ยวทั้งในประเทศและต่างประเทศ เนื่องจากทิวทัศน์ของฝั่งแม่น้ำมีความสวยงามและระดับน้ำก็ลดหลั่นกันตลอดทาง โดยใช้เวลาในการไปและกลับเพียง 2-3 ชั่วโมงเท่านั้น นอกจากนี้ ในกรณีที่ต้องการพักแรมด้วยการกางเต็นท์ก็อาจทำได้โดยขออนุญาตจากหัวหน้าด่านตำรวจที่น้ำเพียงดินเสียก่อน

ช่วงที่เหมาะสมที่สุดในการล่องแพแม่น้ำปายได้แก่ ช่วงเดือนตุลาคม- มีนาคม