ทิศเหนือ จด ตำบลลาโล๊ะ อำเภอรือเสาะ จังหวัดนราธิวาส
ทิศใต้ จด ตำบลคุซงญอ อำเภอจะแนะ จังหวัดนราธิวาส
ทิศตะวันออก จด ตำบลมะรือโบตก ตำลบเฉลิม ตำบลกาลิซา อำเภอระแงะ จังหวัดนราธิวาส
ทิศตะวันตก จด ตำบลกาลิซา ตำบลเชิงคีรี ตำบลศรีบรรพต อำเภอศรีสาคร จังหวัดนราธิวาส

การเดินทางไปยังพื้นที่อุทยานแห่งชาติน้ำตกซีโป สามารถเดินทางไปได้ทั้งทาง รถยนต์และรถไฟ การเดินทาง โดยรถยนต์ให้เดินทางตามเส้นทางหลวงแผ่นดินหมาย เลข 4055 นราธิวาส-อำเภอระแงะ แล้วเลี้ยวขวาผ่านตลาดตันหยงมัส และเมื่อมาถึง สามแยก ให้ตรงไปตามถนนกรมโยธาธิการกระทรวงมหาดไทย เส้นทางสายบ้านซากอ

– อำเภอระแงะ ตั้งแต่ กม.0-กม.2 จะมีทางตรงใช้เส้นทางถนน รพช. นธ3011 บ้านทาเนาะ

– บ้านบาลูกา ระยะทาง 7 กม. ถึงหมู่บ้านซีโป หลังจากนั้นก็เดินทางต่อไปโดยใช้เส้นทาง สายหมู่บ้านซีโป – อุทยานแห่งชาติน้ำตกซีโป ประมาณ 2 กิโลเมตร ก็ถึงเขตจะกำหนด เป็นอุทยานแห่งชาติน้ำตกซีโป ส่วนการเดินทางโดยรถไฟ ให้เดินทางจากสถานีรถไฟกรุง เทพฯ (หัวลำโพง) โดยขบวนรถด่วนพิเศษและขบวนรถเร็วกรุงเทพฯ – สุไหงโกลก มาลง ที่สถานีรถไฟตันหยงมัส แล้วเดินทางต่อไปโดยรถจักรยานยนต์รับจ้างจากสถานีรถไปตัน หยงมัส – บ้านซีโป หลังจากนั้นก็เดินทางตามเส้นทางสายบ้านซากอ – อำเภอระแงะ และ ใช้เส้นทางถนน รพช. นธ3011 บ้านทาเนาะ – บ้านซีโป จนกระทั่งถึงเขตพื้นที่ที่จะกำหนด เป็นอุทยานแห่งชาติน้ำตกซีโป

โดยทั่วไปของพื้นที่ส่วนใหญ่เป็นเทือกเขาสลับซับซ้อนทอดยาว ลักษณะของพื้น ที่มีความลาดเอียง จากทิศตะวันตกไปสู่ทิศตะวันออก วัดความสูงจากระดับน้ำทะเลต่ำ สุด 154 เมตร สูงสุด 813 เมตร และเป็นพื้นที่ต้นน้ำลำธาน ที่ก่อกำเนิดลุ่มแม่น้ำสายบุรี ซึ่งกลุ่มน้ำนี้เป็นที่ราบลุ่มแม่น้ำ 1 สายบุรี

ลักษณะทางธรณีและอุทกธรณี โดยทั่วไปพื้นที่เป็นป่าดิบชื้น เป็นดินที่เกิดจากการสลายตัว ของหินปูนและหินแกรนิต และบางแห่งเกิดจากการทับถมของทรายผสมอินทรีย์วัตถุที่ถมกันช้านานจนสลายตัว และ ปลดปล่อยธาตุอาหารต่างๆ ลงสู่ดินกลายเป็นธาตุอาหารที่จำเป็นสำหรับพืช ลักษณะดิน ของป่านี้มีลักษณะดินเหนียวปนทราย ดินลูกรังและดินกรวด มีความสามารถอุ้มน้ำได้ดี มี ความสมบูรณ์สูง

โดยทั่วไปพื้นที่ส่วนใหญ่เป็นแบบมรสุมเขตร้อน แบ่งฤดูการออกเป็น 2 ฤดู ได้แก่

1.ฤดูฝน แบ่งเป็น 2 ช่วง ได้แก่ ช่วงที่ทับลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ซึ่งพัดเอาความชื้นจาก ทะเลอันดามันและมหาสมุทรอินเดีย เข้ามาทำให้มีฝนตกชุกในเดือนพฤษภาคมถึงเดือน ตุลาคม อีกช่วงหนึ่งก็คือ ช่วงที่รับลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ ซึ่งพัดเอาความชื้นจากอ่าว ไทยเข้ามา ทำให้มีฝนตกชุกอีกในเดือนพฤศจิกายนถึงเดือนมกราคม ปริมาณฝนรวมตั้งแต่ เดือนมกราคมถึงเดือนพฤศจิกายน 2539 วัดได้ 1,416.2 มิลลิเมตร โดยมีปริมาณฝนที่สูงที่ สุดในเดือนพฤศจิกายน วัดได้ 377.3 มิลลิเมตร และต่ำสุดในเดือนมีนาคม วัดได้ 19.9 มิลลิ เมตร

2. ฤดูร้อน ฤดูร้อนอยู่ระหว่างเดือนกุมภาพันธ์ถึงเดือนเมษายน เนื่องจากได้รับลมตะวันตก เฉียงใต้ ซึ่งเป็นลมร้อยที่พัดมาจากทะเลจีนใต้ ทำให้อากาศโดยทั่วไปร้อนและชื้น อุณหภูมิ เฉลี่ยตั้งแต่เดือนมกราคมถึงเดือนพฤศจิกายน 2539 วัดได้ 27.02 องศาเซลเซียส อุณหภูมิต่ำ สุดวัดได้ 19.2 องศาเซลเซียส อุณหภูมิสูงสุดวัดได้ 35.1 องศาเซลเซียส ความชื้นสัมพันธ์ สูงสุดเฉลี่ยในเดือนพฤศจิกายนวัดได้ 86.28% และต่ำสุดเฉลี่ยในเดือน

ลักษณะสภาพป่าไม้ โดยทั่วไปพื้นที่เป็นป่าดงดิบภูเขาและป่าโปร่ง เพราะมีเรือนยอดของไม้ปกคลุมแตกต่าง กันไปตามพื้นที่ ซึ่งส่วนใหญ่เป็นป่าดิบชื้นมีไม้สำคัญ ได้แก่ ไม้ตะเคียนชันตาแมว ไม้สยา ไม้ หลุมพอและไม้กระยาเลย ฯลฯ

ชนิดและประเภทของสัตว์ป่า โดยทั่วไปสัตว์ป่าส่วนใหญ่เป็นพวกสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่มีขนาดกลางและขนาดเล็ก สัตว์ปีก สัตว์เลื้อยคลาน นก แมลง ปลาน้ำจืด และสัตว์ป่าที่หายากต่างๆ

โดยทั่วไปของพื้นที่มีจุดเด่นและแหล่งท่องเที่ยวมากมาย เช่น น้ำตกซีโป น้ำตก ไอร์ซือดอ น้ำตกยากาบองอ น้ำตกรือเปาะ น้ำตกแมะแซ และมีผลไม้ที่ขึ้นชื่อ คือ ลองกอง ซีโป เป็นผลไม้เผ่าพันธุ์ทางพฤกษวิทยาสายเดียวกับลางสาด แต่ลองกองมีคุณสมบัติเหนือ กว่าลางสาดหลายประการ คือ เปลือกหนา แต่ไม่เป็นยางเหนียวเหมือนลางสาด เมล็ดลอง กองมีน้อยหรือแทบไม่มีเลย มีเนื้อมาก รสชาติลองกองหวานหอมกว่าลางสาด