หมู่เกาะเภตราตั้งอยู่ในคาบมหาสมุทรอินเดีย บริเวณช่องแคบมะละกา ทางฝั่งตะวันตกของไทยในเขตจังหวัดสตูลและจังหวัดตรัง ประกอบด้วยเกาะที่สำคัญคือ เกาะเภตรา เกาะเขาใหญ่ เกาะละโล๊ะแบนแต เกาะลินตี เกาะลิดี เกาะบุโหลน เกาะเหลาเหลียงและเกาะเปรามะ ลักษณะภูมิประเทศส่วนใหญ่เป็นเกาะ ส่วนที่เป็นภูเขามีความลาดชันสูง มีพื้นราบอยู่ระหว่างหุบเขาและบริเวณชายหาด นอกจากเกาะแล้วเขตอุทยานฯยังครอบคลุมพื้นที่ชายหาดตลอดแนวฝั่งทะเลจากอำเภอละงู ถึงอำเภอบางหว้า จังหวัดสตูล

เกาะลิดี
อยู่ห่างจากที่ทำการฯ (อ่าวนุ่น) ประมาณ 5 กิโลเมตร และห่างจากท่าเรือปากบาราประมาณ 7 กิโลเมตร มีหน้าผาและถ้ำเป็นที่อาศัยของนกนางแอ่นเป็นจำนวนมาก เนื้อที่ประมาณ 10 ตารางกิโลเมตร มีหาดทรายขาวบริสุทธิ์ และมีเวิ้งอ่าวยื่นเข้าไปในตัวเกาะเป็นสระน้ำใสสะอาด เหมาะสำหรับนักท่องเที่ยวที่ชอบเล่นน้ำทะเล ปัจจุบันเกาะลิดีมีหน่วยพิทักษ์อุทยานฯ มีบ้านพัก และบริเวณที่กางเต็นท์สำหรับนักท่องเที่ยว สามารถติดต่อเรือประมงได้จากที่ทำการอุทยานฯ

เกาะเขาใหญ่
อยู่ห่างจากท่าเรือปากบาราประมาณ 3 กิโลเมตร บนเกาะมีอ่าวชื่อนะปุลา จุดเด่นของเกาะเขาใหญ่ คือ ปฏิมากรรมธรรมชาติที่คล้ายกับปราสาทหิน มีสะพานธรรมชาติยื่นโค้งไปในทะเล ยามน้ำลดสามารถพายเรือลอดได้ นอกจากนี้ยังมีสถานที่เพาะเลี้ยงพันธุ์ปลาของประมงจังหวัดสตูล ตั้งอยู่ใกล้เกาะเขาใหญ่ซึ่งนักท่องเที่ยวนิยมแวะไปชมมากเช่นกัน

อ่าวก้ามปู
อยู่ระหว่างเกาะเขาใหญ่ และเกาะลิดี มีลักษณะคล้ายรูปเกือกม้า กว้างประมาณ 700 เมตร ภายในอ่าวมีน้ำตกไหลมาเป็นลำธารเล็กๆ เป็นอ่าวที่สงบ ปราศจากคลื่นลมตลอดทั้งปี ขณะน้ำลดจะมองเห็นปะการังและสิ่งมีชีวิตใต้ท้องทะเลตลอดแนวชายฝั่ง มีทิวทัศน์หน้าอ่าวงดงาม และจะมีเต่าทะเลขึ้นมาวางไข่ทุกปี

หาดกาสิงห์
อยู่ที่หมู่บ้านบ่อเจ็ดลูก ตำบลปากน้ำ อำเภอละงู เป็นหาดที่มีความลาดชันน้อย จึงเหมาะสำหรับการวางไข่ของเต่าทะเล โดยเฉพาะเต่ามะเฟือง ซึ่งคาดว่าเหลืออยู่เพียงแห่งเดียวในจังหวัดสตูล นับเป็นสิ่งดึงดูดใจนักท่องเที่ยวมากอีกประการหนึ่ง

เกาะบุโหลน
อยู่ห่างจากท่าเทียบเรือปากบาราประมาณ 22 กม. เป็นเกาะที่มีหาดทรายขาวสะอาด น้ำใสเหมาะแก่การดูปะการัง เป็นเกาะที่ได้รับความนิยมจากนักท่องเที่ยวในขณะนี้ เนื่องจากเป็นเกาะที่สามารถเดินทางไปท่องเที่ยวได้สะดวก