ทิศเหนือ จด ห้วยฉลอง ตำบลผาเลือด อำเภอทองแสนขัน และห้วยฮิ้น ตำบลแสนตอ อำเภอน้ำปาด จังหวัดอุตรดิตถ์
ทิศใต้ จด เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่า ภูเมี่ยง - ภูทอง ตำบลป่าแดง อำเภอชาติตระการ จังหวัดพิษณุโลก
ทิศตะวันออก จด เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่า ภูเมี่ยง - ภูทอง ตำบลน้ำไผ่ อำเภอน้ำปาด จังหวัดอุตรดิตถ์
ทิศตะวันตก จด เขาสูงและเขาตักบอน ตำบลบ่อทอง อำเภอทองแสนขัน จังหวัดอุตรดิตถ์

เส้นทางคมนาคม (ถนน) ระยะทางจากจังหวัดอุตรดิตถ์ ถึงอำเภอ น้ำปาด 74 กิโลเมตร และระยะทางจากอำเภอน้ำปาด ถึงสำนักงานอุทยานแห่งชาติคลองตรอน 19 กิโลเมตร สภาพถนนเป็นถนนลาดยาง

อุทยานแห่งชาติคลองตรอนมีศูนย์บริการนักท่องเที่ยว มีเจ้าหน้าที่ประจำในการติดต่อสอบถามให้รายละเอียดเกี่ยวกับอุทยานแห่งชาติ และการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ มีเส้นทางเดินไพรศึกษาธรรมชาติ โดยเจ้าหน้าที่อำนวยความสะดวก ซึ่งมีสถานที่กางเต้นท์ไว้รองรับนักท่องเที่ยว 2 แห่ง พักได้ทั้งหมด 100 คน

สนใจติดต่อได้ที่ทำการอุทยานแห่งชาติคลองตรอน หมู่ 3 ตำบลน้ำไผ่ อำเภอน้ำปาด จังหวัดอุตรดิตถ์ 53110 หรือติดต่อสอบถามได้ที่งานบริการบ้านพัก ฝ่ายนันทนาการและสื่อความหมาย ส่วนอุทยานแห่งชาติ สำนักอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ กรมป่าไม้ กรุงเทพฯ โทร. 5797223 , 5795734 หรือ โทร. 5614292-4 ต่อ 724 , 725

มีลักษณะเป็นเทือกเขาสลับซับซ้อน เขาที่สำคัญได้แก่ เขาคว่ำเรือ เขาหงายเรือ เขาดอยกอง เขาถนน เขาแดด เขาผาแดง และเขาจัน มีความสูงจากระดับน้ำทะเล ต่ำสุด 200 เมตร และสูงสุด 1,500 เมตร และมีความลาดชันตั้งแต่ 35% ขึ้นไป โดยมีแหล่งน้ำอุปโภคบริโภค คือ ห้วยคลองตรอน

อุทยานแห่งชาติคลองตรอน นับว่าเป็นอุทยานแห่งชาติที่คงความอุดมสมบูรณ์ของป่าไม้ไว้ จึงมีสัตว์ป่าอาศัยอยู่มากมาย ไม่ว่าจะเป็นนกนานาพันธุ์ที่มีมากกว่า 70 ชนิด และหมี ลิง ลิงลม หมูป่า สุนัขจิ้งจอก ปูลู และสัตว์ที่นับได้ว่าเป็นจุดเด่น ได้แก่ ช้าง เลียงผา หมี และปูลู

อุทยานแห่งชาติคลองตรอน มีความสวยงามทางธรรมชาติมากมายหลายแห่ง ทั้งยังมีน้ำตกที่งดงามหลายที่ นอกจากนี้ยังมีถ้ำที่ยังคงความงามและความสมบูรณ์อยู่ จุดเด่นที่น่าสนใจ ได้แก่ น้ำตกคลองตรอน น้ำตกห้วยเนียม น้ำตกห้วยคอม-ห้วยทรายภูเมียง เขาคว่ำเรือ เขาหงายเรือ หน้าผาเขาคว่ำเรือ ถ้ำจัน ถ้ำวัวแดง ถ้ำเจดีย์ ถ้ำเสือดาว ถ้ำธารสวรรค์ นักท่องเที่ยวสามารถเดินทางมาเยี่ยมชมได้ตลอดทั้งปี